Nach dem Zweiten Weltkrieg engagierte er sich schon 1948 wieder als Trainer bei der TSG Stötteritz. 1950 wurde er zum Cheftrainer der DS-Liga berufen, was im Prinzip dem Rang eines Auswahltrainers entsprach. Allerdings durfte die neu gegründete DDR zu diesem Zeitpunkt noch keine Auswahlspiele bestreiten, da sie von der FIFA noch nicht anerkannt worden war. Bei den ersten inoffiziellen Länderspielen 1951 gegen Polen in Berlin und Leipzig betreute Kunze die inoffizielle DDR-Auswahl.
Im Jahr 1953, als Kunze bereits einen hervorragenden Ruf als Fußball-Theoretiker inne hatte und regelmäßig Texte dazu veröffentlichte, übernahm er seine erste Oberligamannschaft als Coach. Kurz darauf startete er als Trainer bei Chemie Leipzig (Sommer 1953). Nach der Auflösung des Vereines und der Neubildung des SC Lokomotive betreute er diese Mannschaft. Aufgrund von Querelen wechselte er allerdings nach Weimar, wurde später jedoch „begnadigt“ und kehrte zum SC Lok zurück. Dort arbeitete er bis 1963.
Bei der Neubildung des Leipziger Fußballs übernahm er dann die BSG Chemie Leipzig und feierte dort bis zum Jahr 1967 seine größten Erfolge (1,2). Kunze beendete seine Trainer-Tätigkeit auf eigenen Wunsch und arbeitete noch weitere zehn Jahre bis zu seiner Rente am „Wissenschaftlichen Zentrum“ des Fußballverbandes. Seinen Verein liebte er über alle Maßen und blieb ihm deshalb auch in Rat und Tat bis zu seinem Tod am 19. Juli 1996 verbunden.
Das Leben von Alfred Kunze währte 86 Jahre. Es ist nicht leicht, über ihn zu schreiben und dabei nicht in kritiklose Lobes-Hymnen zu verfallen. Denn jeder, der ihn kannte, spricht in höchsten Tönen von ihm. Sein Anteil an der sensationellen Meisterschaft 1964, am Höhenflug der Chemiker bis 1966 mit dem Gewinn des Pokalsieges, war überproportional. Seine psychologischen Fähigkeiten, deren Resultate entscheidende Wirkungen hervorbrachten, waren führend und seiner Zeit voraus. Seine Menschlichkeit und Bescheidenheit war schon damals selten und wäre auch heutzutage eine absolute Rarität.
Zu all diesen Eigenschaften gesellte sich eine weitere hinzu, die seinen Status als eine der großen Figuren des DDR-Fußballs auch moralisch begründet: seine Renitenz gegenüber der Obrigkeit, die sich mit ihren Handlungen immer wieder zwischen propagierter Rechtsstaatlichkeit und finstersten Anachronismen bewegte. So ist es kein Wunder, dass die Dellen in Kunzes Lebenslauf zahlreich und die Folgen unübersehbar sind.
Als Trainer des Armee-Vereins Vorwärts Leipzig beispielsweise wurde von ihm verlangt, sich nicht nur systemkonform, sondern als Vorbild auch eindeutig politisch zu positionieren. Fiel Kunze schon die Arbeit beim in Leipzig verhassten Verein äußerst schwer, wie er einmal in einem Gespräch viele Jahre später bestätigte, konnte er die weiteren Geschehnisse im Verein keinesfalls mittragen. Erst Monate zuvor mit sieben (!) Spielern der populären BSG Chemie Leipzig verstärkt, die mit allerlei Versprechen und auch Druck zum Wechsel veranlasst wurden, gerieten die Spiele von Vorwärts fortan zum Spießrutenlauf. Spielerische Konstanz und Selbstbewusstsein konnten so kaum entstehen, wechselhafte Resultate waren die Folge. Also verpflanzte die DDR-Sportführung den Verein kurzerhand quasi über Nacht nach Berlin. <br><br>Ruhe bekam man trotzdem nicht mehr hinein, der Abstieg war die Folge und das Experiment, einen starken Armeeclub zu etablieren, gescheitert. Als sich Kunze auch noch deutlich zu den Ereignissen des 17. Juni äußerte, war er untragbar für die Arbeit beim Armeeclub geworden und wurde auch von der DHfK, wo er nebenher als Dozent weiter gearbeitet hatte, gefeuert. Beinahe wäre seine Trainerkarriere damit beendet gewesen. Doch nach einem Gespräch mit SED-Bezirkssekretär Paul Fröhlich wurde ihm beschieden, er könne weiter als Trainer arbeiten, wenn er sich „loyal gegenüber unserem Staat“ verhalte.
1955 der nächste Aufreger: Kunze verließ nach Differenzen mit der Clubführung den SC Lokomotive und musste sich in Weimar und Halle bei unterklassigen Vereinen „bewähren“. Später holte man ihn zurück, wissend, dass man einen absoluten Experten verlieren würde.
1963 aber kam Kunze für das Traineramt beim neuen Superclub SC Leipzig nicht in Frage. Sogar für den Trainerjob bei der BSG Chemie, so geht es aus Akten der SED-Bezirksleitung hervor, hielt man ihn nur für begrenzt einsatzfähig. Er lasse „Mängel im Umgang mit den Spielern“ erkennen, weshalb man ihm Co-Trainer Heinz Frenzel an die Seite stellte. Angesichts des offensichtlichen Widerspruchs dieser Einschätzung bleibt die Ahnung, was die Funktionäre genau meinten: Sie zielten wohl auf die politische Beeinflussung der Spieler in ihrem Sinne ab. Da war von Kunze tatsächlich nicht viel zu erwarten. Seine Spieler achteten und verehrten ihn. Er genoss allerhöchsten Respekt, Despektierlichkeiten kannte man ihm gegenüber nicht. Das wird auch heute noch deutlich, wenn seine ehemaligen Spieler über ihn sprechen.